أكاديمية آغا خان في مومباسا مدرسة دولية خاصة مختلطة تأسست عام 2003، وتقع في حي كيزينغو بمدينة مومباسا في كينيا. تستقبل المدرسة طلاباً تتراوح أعمارهم بين 6 و19 عاماً من الصف الأول حتى الصف الثاني عشر، وتعتمد منهج البكالوريا الدولية بالكامل مع تقديم امتحانات الدبلوم الدولي. يبلغ عدد الطلاب نحو 600 طالب وطالبة من 14 جنسية مختلفة، مما يجعل البيئة الدراسية متعددة الثقافات بشكل حقيقي. لغة التدريس هي الإنجليزية.

تنتمي الأكاديمية إلى شبكة عالمية من المدارس التي تأسست وفق رؤية صاحب السمو الأمير آغا خان، وتركز على تنمية قدرات القيادة والمسؤولية الأخلاقية لدى الطلاب. تُتيح المدرسة نظامَي الدوام الكامل والإقامة الداخلية؛ إذ افتُتح برنامج السكن الداخلي رسمياً في أبريل 2009، ويشرف على المساكن معلمون مختارون بعناية يقيمون مع الطلاب داخل الحرم.

تتفاوت الرسوم الدراسية بحسب نظام الالتحاق؛ فرسوم الإقامة الداخلية تبدأ من 14,489 دولاراً أمريكياً سنوياً، بينما تبدأ رسوم الطلاب الخارجيين من 3,759 دولاراً سنوياً. وبال