Die Aga Khan Academy Mombasa ist eine internationale Tages- und Internatsschule im Stadtteil Kizingo in Mombasa, Kenia. Die Schule wurde 2003 gegründet und gehört zu einem weltweiten Netzwerk von Schulen, das auf der Vision von Seiner Hoheit dem Aga Khan basiert. Derzeit besuchen rund 600 Schülerinnen und Schüler im Alter von 6 bis 19 Jahren die Schule, die aus 14 verschiedenen Nationalitäten stammen. Der Unterricht findet auf Englisch statt, und die Schule ist koedukativ.

Das Curriculum folgt dem International Baccalaureate (IB), das mit dem IB-Diplom abschließt – ein international anerkannter Abschluss, der den Zugang zu Universitäten weltweit ermöglicht. Die Schule legt besonderen Wert auf Führungskompetenzen und ethisches Handeln. Das Internatsprogramm wurde im April 2009 offiziell eröffnet; die Wohnheime sind so gestaltet, dass Schülerinnen und Schüler gemeinsam mit sogenannten Dorm Parents – sorgfältig ausgewählten Lehrkräften – zusammenleben.

Die Schulgebühren für Tagesschüler beginnen ab 3.759 USD pro Jahr, während die Internatsgebühren ab 14.489 USD jährlich liegen. In kenianischen Schilling ausgedrückt bewegen sich die Gebühren zwischen 500.000 und 3.058.000 KES pro Jahr, je nach Jahrgang und gewählter Schulform.