L'Aga Khan Academy di Mombasa è una scuola internazionale privata fondata nel 2003, situata nel quartiere di Kizingo, a Mombasa, in Kenya. Fa parte di una rete globale di istituti scolastici che seguono la visione di Sua Altezza l'Aga Khan. La scuola accoglie circa 600 studenti di età compresa tra i 6 e i 19 anni, provenienti da 14 nazionalità diverse, e offre un ambiente di apprendimento misto sia per ragazzi che per ragazze, dalla scuola primaria fino al diploma.

Il programma didattico segue il curricolo del Baccalaureato Internazionale (IB), con l'insegnamento in lingua inglese, e culmina con il conseguimento dell'IB Diploma. La scuola pone particolare attenzione allo sviluppo della leadership e dei valori etici negli studenti, elementi centrali della filosofia educativa delle Accademie Aga Khan.

Per le famiglie che considerano l'opzione del collegio, il programma residenziale è attivo dal 2009. Le residenze sono progettate per ospitare gli studenti insieme a insegnanti-tutori che vivono nelle stesse strutture. Le rette annuali per gli studenti interni partono da circa 14.489 USD, mentre per gli studenti esterni le tariffe partono da circa 3.759 USD all'anno, con costi espressi anche in scellini kenioti tra 500.000 e 3.058.000 KES.